Do końca 2007 roku podatnik mógł odliczyć VAT lub liczyć na jego zwrot nawet w przypadku gdy faktura dokumentowała czynność niepodlegającą opodatkowaniu lub zwolnioną z VAT (o ile kwota wykazana w fakturze została uregulowana).

Od 2008 roku w art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT określono, że nie można odliczyć VAT naliczonego w fakturach gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku. Zrezygnowano z wymogu, aby podatnik nie uregulował kwoty wykazanej w fakturze.

Jednocześnie przepisy ustawy o VAT przewidują, że w przypadku gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty. Obowiązek zapłaty podatku wykazanego w wystawionej fakturze aktualny jest również w sytuacji, gdy podatnik wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku wyższą od kwoty podatku należnego.

Wspomniany obowiązek zapłaty, w połączeniu ze zmianą art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT powoduje, iż w przypadku gdy zostanie wystawiona faktura (mimo że transakcja nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku) podatek będzie musiał być odprowadzony.

Jednocześnie podatnik zostaje w takiej sytuacji pozbawiony prawa do obniżenia podatku należnego (lub do zwrotu różnicy podatku czy też odpowiednio zwrotu podatku naliczonego).

W opinii ekspertów wspomniana zmiana sprzeczna jest z podstawową, z punktu widzenia VAT, zasadą neutralności podatku. Istnienie obowiązku zapłaty podatku wykazanego w fakturze, przy jednoczesnym zakazie obniżenia kwoty podatku, spowoduje, że to podatnik VAT poniesie ciężar podatkowy, a nie konsument.